Esta Ermita es la heredera de la parroquia de San Juan de la Puebla y de Nuestra Sra. Del Canto. No se sabe a ciencia cierta de cuando data su construcción, a pesar de que ya en 1400 existía como parroquia. En tiempos de la invasión napoleónica fue utilizado el edificio como cuartel y almacén por las tropas de Bonaparte.

Existe una leyenda, en la que los anticlericales queriendo aniquilar a monjes y monjas, la Virgen del Canto provocó una situación de tormenta terrible que salvó la vida a los monjes y monjas sin que a la virgen mojase su vestimenta.